基于网络药理学****治疗****的作用机制的研究
分析数据信息：
疾病：****
物种：人类
药物：****，****，****

流程及图示：

1. ****相关疾病靶点

在GENECARD，OMIM，DisgeNET数据库查找****疾病的靶点数据，共得到****个相关靶标。

1. ****所有化学成分检索

在****数据库中检索****相关化学成分（剔除无靶标信息化合物）。检索获得****个活性化合物。

1. ****有效活性成分的靶点检索

在****数据库中查找****有效活性成分的所有靶点。取****化合物靶标关联度****以上靶标，获得靶标****个。并使用****基因模块对生物靶标信息进行标准化，建立相关的化学成分靶标数据库。

1. 类药性的初步筛选

对化学成分的类药性评估主要是评估化合物的AMDE（吸收、分布、代谢、排泄）性质。将化合物的物理化学特征与上市药物特征进行比较可有效的评估化合物的类药性。采用****等提出的新的有效的类药性评估指标****来快速评估化学成分的类药性。
其中****为整合****种主要的分子描述符后得到的渴求函数，这****种分子描述符为分别为****结构数。参考Drugbank中上市药物阈值，选择****为阈值筛选化合物，共得到****个满足类药性成分化合物。

1. 基于****靶标，化学成分的二次筛选

采用基于****来筛选核心方的作用靶标，基于同一活性化合物可能作用多个靶标，且同一靶标可能被多个活性化合物作用，那么若该靶标同时被多个活性化合物所作用，该靶标可认为是复方的主要作用靶标
    ****
****计算含有主要作用靶标基因的化合物作为主要作用化合物。筛选得到****个主要作用靶标与****个主要作用化合物。

1. ****治疗****靶标确定

使用韦恩图确定****治疗****的主要靶标，共****个，并使用String数据库进行蛋白PPI网络分析。并通过****个靶标确定****个作用于****的主要化合物。

1. 生物功能分析

将得到的****个****作用于****的主要靶标进行GO，KEGG富集分析

1. 构建“成分-靶点-疾病”网络图

利用软件的功能构建“成分-靶点-疾病”网络图。

1. 分子对接

   通过网站下载其化学结构式，格式选择mol2，导入 AutoDockTools-1.5.6(Morris et al., 2009)软件中以加极性氢并分配电荷、设置可旋转键。从网站下载需要对接的靶点蛋白，利用 PyMol(v2.3.0将靶标蛋白和原始配体分离并去除水分子，然后将配体和受体导入 AutoDockTools（v1.5.6）加极性氢、分配电荷电荷。将准备好的蛋白文件、配体文件、化合物文件以及脚本放入相应文件夹，利用 AutoDock Vina（v1.1.2）进行分子对接。并利用 Pymol 绘制结合能（Affinity）最低的组合进行相互作用模式分析。